תכנית עמיתי אייסף לדוקטורט פועלת לתמיכה בדוקטורנטים באמצעות מלגות בארץ ובחו"ל בכל המדעים. במשך שנות פעילותה תמכה התכנית באמצעות נתינת מלגות בקידום הקריירה האקדמית והמקצועית של מאות דוקטורנטים ופוסט-דוקטורנטים מהפריפריה שהשתלבו בעמדות מפתח מחקריות, עסקיות וציבוריות באקדמיה ומחוצה לה. כיום לומדים בעזרת הקרן  עשרות דוקטורנטים ופוסט-דוקטורנטים בארץ ובחו"ל אשר מקבלים מלגות לתקופה שבין שנה ועד ארבע שנים. בנוסף לקבלת מלגות , התכנית מספקת מסגרת של תמיכה חברתית רחבה בין העמיתים לדוקטורט, ובינם לבין בוגריה, הכשרה עיונית ואקדמית באמצעות מפגשים חודשיים וכן ליווי העמית במידת הצורך לביצוע המחקר.